卖方支付运费的会计处理方式如下：首先，借记销售费用-运费。其次，应交税费-应交增值税(进项税额)也需要被记录。最后，贷方为银行存款。这三个步骤构成了卖方支付运费的基本会计分录。
接下来，我们来讨论支付运费对应进项税额能否抵扣的处理问题。在销售货物时，如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，那么即使支付的运费取得了增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。这是因为在这种情况下，销售货物本身并未产生可以抵扣的销项税额，因此与之相关的运费也无法进行抵扣。
同样，在购买货物时，如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，那么支付的运费即使取得了增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。这是因为在这种情况下，购买的货物并未产生可以抵扣的销项税额，因此与之相关的运费也无法进行抵扣。
然而，如果外购货物用于了增值税应税项目，并且取得了普通发票，但是支付的运费却取得了增值税专用发票，那么就可以凭票抵扣运费的进项税额。这是因为在这种情况下，购买的货物产生了可以抵扣的销项税额，因此与之相关的运费也可以进行抵扣。但是，如果未取得增值税专用发票，那么就无法抵扣运费的进项税额。