处理期初余额不匹配问题的关键步骤包括：

1、验证录入的期初余额数据是否确保借贷方平衡。

2、核对录入数据的借贷方余额与科目余额表的数据一致性。

3、审查系统内录入的数据差异，寻找可能的对应数据源。

4、确认科目设置的借贷方向正确无误。

5、针对存在明细分类的科目，如应收账款或库存等，需检查二级科目是否正确录入。