工程增值税发票税率一般是9%。如果选择清包工、甲供材以及《建筑施工许可证》规定或合同约定开工日期在2016年4月30日之前的老项目，则可选择简易计税办法，按照3%的征收率开具增值税专用发票或增值税普通发票，也可以选择一般计税方法开具9%的增值税发票。