在处理进项税和销项税的抵扣问题时，如果进项大于销项，则无需进行任何处理。然而，当销项大于进项时，需要将差额转入“应交税费—未交增值税”的借方，并在次月缴纳税款。具体的会计分录如下：
首先，购买库存商品时，借记“库存商品”和“应交税费—应交增值税（进项税额）”，贷记“银行存款”。销售商品时，借记“银行存款”，贷记“主营业务收入”和“应交税费—应交增值税（销项税额）”。同时，结转销售成本，借记“主营业务成本”，贷记“库存商品”。
在月末，需要结转相关收入和成本。借记“主营业务收入”，贷记“本年利润”。然后，借记“本年利润”，贷记“主营业务成本”。如果月底进项大于销项，可以不做分录。
然而，如果月底销项大于进项，说明需要缴税。此时，需要进行以下结转分录：借记“应交税费—应交增值税（转出未交增值税）”，贷记“应交税费—未交增值税”。在次月，需要缴纳税款，借记“应交税费—未交增值税”，贷记“银行存款”。
此外，如果一般纳税人需要补开增值税发票，申报时需要在增值税附表一的“未开具发票”栏次填写负数，以冲减之前月份申报的未开票收入。然后，根据所开发票正常填写“开具增值税专用发票”（专票）或“开具其他发票”（普票）栏次，正常申报即可。需要注意的是，该流程可能会导致申报一窗式比对失败，纳税人需到前台清卡处理。